Nein.
Linux-Dateisysteme sind grundsätzlich etwas fragmentiert, das ist sinnvoll so und ist so gedacht. Aber die Fragmentierung geht selten über 10% hinaus, und das liegt daran, wie das Dateisystem sich selbst organisiert. Aus dem FIDO Netz abgehörte Metapher:
Wenn Du zu Windows gehst und Dateien speichern willst, sagt dir der Windows Festplattenchef: Fang einfach vorne bei der Festplatte an und nimm die ersten freien Sektoren. Wenn Dir was im Weg liegt, überspring es und mach an einer anderen Stelle weiter.
Wenn Du dann sagst, daß das früher oder später im Chaos endet, so sagt der: Wir stellen jedes Wochenende ein paar Leute ein, die alles Aufräumen. Kunde bezahlt.
Wenn Du zu Linux gehst, fragt dich der Festplattenverwalter: Wie groß ist die Datei? Und dann sagt er Dir eine Stelle, wo die ganz hinpaßt, wenn es so eine gibt. Oder er zeigt dir die größtmöglichen Stücke falls es nicht in einem paßt.
So in etwa. Was ist schlauer?
Defragmentierung bedeutete unter DOS/Windows das Zusammenstauchen von Dateien an den Anfang der Platte. Das ist unter Linux schon einmal gar nicht möglich, da das Inhaltsverzeichnis (das "FAT", die inode-bitmaps) nicht am Anfang liegen, sondern auch über die Platte verteilt sind.
Dateien werden so angelegt, daß die Metainformationen (Attribute, Name, usw) und die Daten selber möglichst physikalisch nah beieinander liegen. Das spart Zugriffe beim Lesen und Schreiben (wo man sowieso fast immer beide Informationen braucht). DOS speichert alle Metainformationen am Anfang der Platte im FAT, und muss daher entweder den kompletten FAT ständig cachen können (was schon mal einige -zig MB werden - effektiver RAM-Verlust!) oder die Festplatte muss ständig hin und her springen.
Clever? Nicht wirklich.
Gängige Linux-Systeme pendeln die Plattenbenutzung so ein, daß es ein paar Zehntel bis ein paar Prozent Fragmentierung immer gibt. Ab 90% Füllstand wird diese Fragmentierung aber exponentiell anwachsen, weil halt kaum noch Platz zum "Optimieren" auf der Platte ist. Man sollte daher die letzten 5-10% einer Festplatte nur in Notfällen benutzen, sie drücken die Performance richtig in den Keller.
Wenn man jetzt auf einer Partition alle Dateien reorganisiert, dann liegen sie nicht mehr so auf der Platte, wie sie entstanden sind. Und einige Dateien wachsen und/oder schrumpfen ständig im laufenden Betrieb, z.B. Log-Dateien. Es ist also durchaus möglich, daß man 2 Jahre mit 5% Fragmentierung gearbeitet hat, dann mal defragmentiert und durch diesen "Umordnungsprozess" danach aber über 10% Fragmentierung bekommt, weil die Dateien plötzlich keine Möglichkeit mehr haben, sich "etwas" auszudehnen.
Fazit: Lass es. Es lohnt nicht.