Wenn deine Distribution dazu nichts sagt (bei SuSE gibt es z.B. einen Menüpunkt im YaST (Yet Another Setup Tool -- die Konfigurationsoberfläche von SuSE Linux) dazu, soweit ich mich erinnere) dann gibt es mehrere Ansatzpunkte. Leider ist das bei jeder Distribution subtil anders gelöst, wie nun der Fenstermanager gewählt und aufgerufen wird.
Überall funktioniert normalerweise auch ein startx fvwm2, falls Du einen neuen Manager erstmal testen willst (hier als Beispiel fvwm2), da das startx Skript normalerweise den übergebenen Parameter als Fenstermanager interpretiert und dann entsprechend danach sucht.
In der Datei `/etc/X11/window-managers' sind alle installierten Manager aufgeführt. Der erste wird benutzt.
Bei der ?DebianDistribution werden verschiedene "gleichwertige" Programme (z.B. Windowmanager) mittels des "Alternatives" System in /etc/alternatives verwaltet. update-alternatives --display x-window-manager zeigt dir die Möglichkeiten an. Wenn du keinen Login-Manager (z.B. KDM vom KdeDesktop) benutzt, wird der mit der höchsten Priorität benutzt. Ansonsten erstellen KDM und andere auch eine .wmrc in deinem Homeverzeichnis.
Die Umgebungsvariable $WINDOWMANAGER bestimmt den Standard-Manager; diese Variable wird in den start-Skripten von X abgefragt. Also wenn Du für dein System global einen anderen Manager festlegen willst, dann füge in die Datei `/etc/profile' ein (z.B.)
WINDOWMANAGER=/usr/local/bin/meinlieblingsmanager
export WINDOWMANAGER
Linuxconf, die Konfigurationsoberfläche von ?RedHat und anderen Systemen, bestimmt den Standard-Manager. Die Datei `.wm_style' bzw. `.wmrc' im `$HOME' des jeweiligen Users enthält dann diese Einstellung. Dies funktioniert aber nur, wenn der User keine `.xsession' oder `.xinitrc' angelegt hat (und damit seine eigene X-Sitzung definiert hat).